Pierwszym dyrektorem Generalnej Dyrekcji Budowy Metra był Jerzy Brzostek. W 1991 zastąpił go Bohdan Zuń, który pełnił tę funkcję do przekształcenia GDBM w Metro Warszawskie, a następnie przez cały okres funkcjonowania Metra Warszawskiego jako zakład budżetowy. 1 stycznia 2003 Bohdan Zuń zgodnie z zarządzeniem prezydenta Warszawy objął stanowisko prezesa zarządu spółki, z którego został zwolniony 3 stycznia. Jego następcą był Krzysztof Celiński stojący na czele przedsiębiorstwa do połowy grudnia 2005. Od 25 stycznia 2006 prezesem Metra Warszawskiego jest Jerzy Lejk.
Inne informacje W październiku 2018 na stacji Centrum doszło do awarii schodów ruchomych, w wyniku czego ranne zostały cztery osoby. Badający przyczyny wypadku Transportowy Dozór Techniczny orzekł, że przyczynami awarii było m.in. chodzenie pasażerów po schodach, na co zezwalała prowadzona przez spółkę kampania „Trzymaj się prawej strony”.