Fogarty był wielokrotnie nagradzany za swój wkład, zdobywając prestiżowe nagrody. Należą do nich Wynalazca Roku 1980, z San Francisco Patent and Trademark Association oraz nagroda Ernst and Young Northern California 1998 Entrepreneur of the Year Award. W 2012 otrzymał National Medal of Technology. Był autorem ponad 170 książek i zajmował stanowiska kierownicze na chirurgii w Sequoia Hospital w Kalifornii i Centrum Medycznym Uniwersytetu Stanforda, jako profesor chirurgii. Jest aktywnym członkiem wielu organizacji, był prezesem Towarzystwa Chirurgii Naczyniowej.
W kwietniu 2000 otrzymał wysoko cenioną nagrodę Lemelson-Massachusetts Institute of Technology (MIT) w wysokości 500 000 dolarów. Program Lemelson-MIT został ustanowiony w 1994 w MIT przez Jerome’a H. Lemelsona. Coroczna nagroda jest uhonorowaniem wybitnego innowacyjnego wkładu w inżynierię naukową, medycynę i przedsiębiorczość. Nagroda ta podkreśla jego olbrzymi wkład w rozwój medycyny. Dr William R. Brody, rektor Uniwersytetu Johna Hopkinsa, który wyszkolił Fogarty’ego, określił go jako „wytrawnego wynalazcę, zawsze majstrującego i próbującego nowych sposobów rozwiązywania problemów”.