W reprezentacji Holandii Neeskens zagrał 49 razy, strzelając 17 bramek. Zadebiutował w niej 11 listopada 1970 roku w meczu z NRD wygranym 1-0. Neeskens odgrywał w reprezentacji Holandii kluczową rolę podczas mistrzostw świata w 1974 i mistrzostw świata w 1978. Podczas finałowego meczu na MŚ w 1974 Neeskens zdobył już w 80 sekundzie gola dającego prowadzenie Holandii w meczu z RFN, jednak to Niemcy wygrali 2-1 i zostali mistrzami świata. Ostatni mecz w reprezentacji rozegrał 18 listopada w 1981 roku – był to przegrany 1-2 mecz z Francją.
Neeskens został uznany za jednego ze 100 najlepszych żyjących piłkarzy FIFA.
Po zakończeniu kariery piłkarskiej, Guus Hiddink poprosił Neeskensa, by ten został jego asystentem w reprezentacji Holandii. Razem zdołali awansować do Mistrzostw Świata w 1998. Potem był także asystentem Franka Rijkaarda podczas Euro 2000. Następnie został szkoleniowcem pierwszoligowego zespołu NEC Nijmegen. Jednak w 2004 roku został zwolniony z powodu słabych wyników drużyny.
Od stycznia 2006 roku ponownie współpracował z Hiddinkiem, tym razem jako jego asystent w reprezentacji Australii, a po finałach MŚ w Niemczech objął posadę asystenta Franka Rijkaarda w FC Barcelona. Pracował tam przez dwa lata.