MZK przeniosło się do Kobylnicy, a budowa nowej trasy trolejbusowej o długości ponad 1 km tamże i modernizacja istniejącej infrastruktury były zdaniem wiceprezydenta Jerzego Wandzla zbyt kosztowne, aby brać je pod uwagę. Upadła również koncepcja utworzenia oddzielnej trolejbusowej spółki, jak w Gdyni czy w Tychach. Nie skorzystano także z pomocy finansowej Unii Europejskiej w ramach programu PHARE. Oszacowano, że likwidacja linii B i C miała przynieść oszczędności rzędu 240 tys. zł, a linii A 170 tys. zł.
Formalna decyzja o likwidacji systemu została podjęta 15 marca 1999 r. przez władze Słupska. W połowie maja 1999 rozpoczęto zwijanie sieci trakcyjnej na ulicy Hubalczyków, co oznaczało koniec linii B i C. 18 października 1999 na ulice wyjechały ostatnie trolejbusy linii A.
Trasy dawnych linii A, B i C uległy nieznacznym korektom, nadano im również numery, odpowiednio 17, 16 i 15. Decyzja o likwidacji trolejbusów w Słupsku była wielokrotnie krytykowana przez media, mieszkańców i radnych Słupska. Zarząd Miasta Słupska oskarżano, że przegłosował decyzję bez konsultacji z mieszkańcami i radnymi, będącymi w większości za pozostawieniem trolejbusów w mieście.