We wrześniu 1939 roku ukrywał w gospodarstwie swoich rodziców dwóch oficerów policji i jednego oficera WP.
Zajmował się organizacją pomocy dla rodzin oficerów i inteligencji polskiej, którym groziła wywózka do ZSRR. W połowie 1940 roku dostarczał wiadomości i żywność żołnierzom polskim internowanym w obozie w Podsosnowie. Po wybuchu wojny niemiecko-radzieckiej Alojzy Wojtowicz przygotował przeprowadzoną 26.06.1941 roku akcję na straż NKWD konwojującą polskich jeńców wojskowych w głąb ZSRR. Niektórym żołnierzom WP udało się zbiec.
Na jesieni 1941 roku współtworzył Rejon ZWZ Hanaczów. W połowie 1942 ukrywał Żydów z Hanaczowa przeznaczonych przez Niemców do wywózki do gett. Na początku 1943 roku brał udział w szeregu akcji dywersyjnych m.in. w ataku na niemiecką i ukraińską komendę policji w Podhoryszczach, gdzie zdobyto duże ilości broni, czy w podpalaniu niemieckich stert zboża w powiecie Przemyślany. Kilka dni po podpaleniu zboża w rejonie Przemyślany zjawiły się oddziały SS, co spowodowało wycofanie oddziału partyzanckiego w lasy romanowsko-kocurowskie. W związku z tym Alojzy Wojtowicz musiał ukryć w Hanaczowie ponad 80 Żydów. Gdy 2.09.1943 roku oddziały SS przeprowadziły pacyfikacje lasów hanaczowsko-świrskich, nie udało im się odnaleźć ani partyzantów, ani większej ilości ludności żydowskiej.