Na mapie z 1775 nazwa pojawia się jako Skat Udden, a w dodatku do mapy z 1886 została przetłumaczona jako Katajanokka. Kanał Katajanokka został ukończony w 1844. Ulicę Satamakatu planowano kiedyś jako esplanadę. Została ona później nazwana Västra Hamngatan, a swoją obecną nazwę otrzymała w 1928. Nazwa Katajanokki stała się oficjalną w 1959.
Do XIX wieku Katajanokka była biedną dzielnicą, w której znajdowała się duża liczba budynków magazynowych, koszary wojskowe, budynki portowe i więzienie. Na początku XX wieku zaczęto na terenach wyspy budować secesyjne kamienice, które w większości są dobrze zachowane do dziś i tworzą jednolity obszar architektoniczny.
Teren przy mostach na stały ląd znany jest jako Kanavaranta. W początku XXI wieku teren ten przekształcił się w dzielnicę restauracji z tarasami nad wodą.
Dzieciństwo na wyspie spędziła Tove Jansson, twórczyni postaci Muminków. Z tego powodu jeden z parków w dzielnicy (przy katedrze prawosławnej) nosi jej imię.