Grodno w 1801 stało się siedzibą nowej rosyjskiej guberni grodzieńskiej (wcześniej wchodziło w skład guberni słonimskiej i litewskiej). W 1812 miasto zostało na krótko zajęte przez francuskie i polskie wojska Hieronima Bonaparte (od 2 czerwca do 8 grudnia). Kongres wiedeński wytyczył granice rosyjskiego Królestwa Polskiego (Kongresowego) ok. 3 km od miasta. Po powstaniu listopadowym w 1830 w mieście rozpoczęła się fala rusyfikacji, kasowano klasztory, zlikwidowano też w 1839 unię kościelną. Gubernatorem został Michał Murawiew zwany „Wieszatielem”.
thumb|Apteka, kościół jezuitów i Pałac Batorego w XIX wieku Przez cały okres zaborów pozostawało ważnym ośrodkiem ruchu narodowego. 12 sierpnia 1861 w Grodnie, tak jak w Wilnie i Kownie, uroczyście obchodzono rocznicę Unii Lubelskiej między Litwą i Koroną, jednak pokojowa manifestacja została brutalnie rozpędzona przez rosyjskie wojskoStefan Kieniewicz, Andrzej Zahorski, Władysław Zajewski, Trzy Powstania Narodowe, Książka i Wiedza, 1997, s. 309. Mieszkańcy ziemi grodzieńskiej licznie uczestniczyli w powstaniu styczniowym. W tym czasie ruchem powstańczym w Grodnie kierowali Celestyn Ciechanowski, Apollo Hofmeister i Stanisław Sylwestrowicz. Erazm Zabłocki był w czasie powstania styczniowego naczelnikiem cywilnym do czerwca 1863, a następnie komisarzem woj. grodzieńskiego.