Małżeństwo i rodzina W 1886 poślubił swoją kuzynkę arcyksiężniczkę Marię Teresę Habsburg, z którą miał sześcioro dzieci, arcyksiążąt: Eleonorę Marię (1886-1974) żonę od 1913 Alfonsa von Kloss (1880-1953); Renatę Marię (1888-1935), od 1909 r. żonę księcia Hieronima Radziwiłła (1885-1945); Karola Olbrachta (1888-1951), polskiego patriotę, który zawarł morganatyczne małżeństwo z Alicją Elżbietą Ankarcrona (1889-1985), primo voto Badeni; Mechtyldę (1891-1966) żonę od 1913 Olgierda Czartoryskiego (1888-1977); Leona Karola (1893–1939), który zawarł morganatyczne małżeństwo z Marią-Klothildą von Thuillières, hrabiną von Montjoye-Vaufrey et de la Roche (1893-1978). Ich potomkowie noszą tytuł „Hrabiów von Habsburg”; Wilhelma Franciszka (1895-1948) – ukraińskiego działacza politycznego, pretendenta do tronu Ukrainy.
Przypisy Zaślubiny w Żywcu Nowosci Illustrowane 1913 nr 3 s. 2-3 (zdjęcie młodej pary i gości) Ślub arcyks. Mechtyldy w Żywcu Czas 1913 nr 16 z 11 stycznia s. 1 Pierwszym mężem Alicji Elżbiety był hr. Ludwik Badeni (1873-1916), dyplomata austriacki polskiego pochodzenia. Z tego małżeństwa pochodził Kazimierz Badeni (1912-2010), który po wstąpieniu do zakonu dominikanów przyjął imię Joachim