Biuro Trybunału Obrachunkowego jest odpowiedzialne za: sprawdzanie legalności i prawidłowości zarządzania w odniesieniu do ostatecznego budżetu zwykłych wydatków DIS, AISE i AISI; prewencyjną kontrolę legalności aktów przyjętych przez DIS, AISE i AISI; przygotowanie raportu dotyczącego końcowego bilansu, który ma być przesłany do COPASIR, wraz ze sprawozdaniem organu kontroli wewnętrznej DIS.
Sposoby wykonywania czynności kontrolnych określa dekret Prezesa Trybunału Obrachunkowego. Za kontrolę prewencyjną dokumentów zarządczych dotyczących wydatków zwykłych DIS, AISE i AISI odpowiada urząd oddelegowany do Biura Budżetowo-Rachunkowego Prezydencji Rady Ministrów.
Nadzór administracyjny i zarządczy nad dokumentami AISI sprawuje Biuro Inspekcyjne oraz organ kontroli wewnętrznej.
Centralny Urząd Kontroli (UCI), za pośrednictwem organu inspektorów, ma za zadanie sprawdzać, czy działalność prowadzona przez AISE i AISI jest zgodna z przepisami ustaw, rozporządzeń i zarządzeń Prezesa Rady Ministrów. Weryfikacja przeprowadzana jest na podstawie zatwierdzonego planu rocznego po zasięgnięciu opinii COPASIR. UCI prowadzi również dochodzenia wewnętrzne dotyczące członków i byłych członków organów informacyjnych na zlecenie Prezesa Rady Ministrów na wniosek COPASIR.