Był też redaktorem i wydawcą czołowego ukraińskiego pisma Kijewskaja Starina.
Na początku XX wieku został członkiem Partii Konstytucyjno-Demokratycznej i pozostał nim do 1917 roku.
Okres Centralnej Rady, Hetmanatu i Dyrektoriatu Po rewolucji lutowej i obaleniu caratu był w marcu 1917 jednym z założycieli Ukraińskiej Centralnej Rady, został wybrany na jej wiceprzewoniczącego i powierzono mu pełnienie obowiązków nieobecnego w Kijowie Mychajła Hruszewskiego (wybranego na przewodniczącego Rady) do czasu jego przybycia z Moskwy. W listopadzie 1918 roku został ministrem edukacji w rządzie Hetmanatu pod kierownictwem Serhija Herbela. Jak wspominał sam Naumenko, nominacja nie odbyła się za jego zgodą. Dowiedział się, że jest ministrem, z gazet. Miesiąc później w wyniku powstania kierowanego przez Dyrektoriat, Hetmanat został obalony, a Naumenko został osadzony w więzieniu na kijowskiej Łukjanowce, ale ze względu na jego wiek i zasługi został zwolniony. Przyczyną aresztowania było pełnienie stanowisko ministerialnego w czasie rządów Hetmanatu. Pozostał w Kijowie, który 6 lutego 1919 został zajęty przez Armię Czerwoną.