Dysponowanie środkami Funduszu Środkami funduszu terenowego dysponował wojewoda, a środkami funduszu centralnego Minister Rolnictwa w porozumieniu z Ministrem Administracji, Gospodarki Terenowej i Ochrony Środowiska. Minister Rolnictwa, z Ministrem Administracji, Gospodarki Terenowej i Ochrony Środowiska oraz z właściwym wojewodą mógł przeznaczyć niewykorzystane środki funduszu terenowego danego województwa na zwiększenie funduszu terenowego innego województwa.
Przeznaczenie środków Funduszu Środkami funduszu przeznaczano na pokrycie kosztów lub dofinansowanie przedsięwzięć zmierzających do kompleksowego rozwiązywania zadań w dziedzinie gospodarki wodnej.
W szczególności środki te przeznaczane były na: budowę, rozbudowę i modernizację urządzeń służących do: wspólnego oczyszczania ścieków doprowadzanych odrębnymi systemami kanalizacyjnymi z co najmniej dwóch zakładów, jak również służących do intensyfikacji procesów samooczyszczania wód, wielokrotnego wykorzystywania wody w systemie obiegów zamkniętych, odzysku surowców zawartych w ściekach oraz odsalania wód kopalnych, wykorzystania ścieków i osadów do celów rolniczych i innych celów gospodarczych, ochrony brzegów przed niszczącym działaniem wód, eksploatację urządzeń a także inne zabiegi związane z usuwaniem zanieczyszczeń z powierzchni wód, budowę i