Kościół był gotowy w czerwcu 1917. Prawdopodobnie w 1918 poświęcił go dziekan przasnyski ks. Józef Piekut. Świątynia uzyskała wezwanie Narodzenia NMP, podobnie jak poprzedni kościół, ale też jak miejska cerkiew w Przasnyszu, z której sprowadzono ikonostas i przerobiono na ołtarze ustawione w jednorożeckiej świątyni. mały|lewo|Ołtarze z kościoła pw. Narodzenia NMP w Jednorożcu w magazynie Muzeum Diecezjalnego w Łomży mały|lewo|Krucyfiks z kościoła pw. Narodzenia NMP w Jednorożcu na wystawie w Muzeum Diecezjalnym w Łomży W czasie II wojny światowej Niemcy uszkodzili dach kościoła i wybili wszystkie okna. Między 1942 a 16 stycznia 1945 r. kościół wyłączono z użytku kultowego i przeznaczono na magazyn zboża, magazyn wojskowy i czasowo kuźnię. Do jesieni 1953 kościół wyremontowano.
W 1961 kościół pokryto polichromią, którą wykonał artysta Józef Murgrabia z Warszawy. Już wcześniej kościół był dekorowany, ponieważ wierni wspominają kurpiowskie motywy na ścianach i niebieski sufit imitujący niebo z gwiazdami. W roku 1962 odnowiono ołtarze główny i boczne, ambonę i chrzcielnicę, co upamiętniały inskrypcje z tyłu ołtarza. Prace wykonali Jerzy i Apolonia Spinek z pomocą Stanisława Sztyka i Zygmunta Koziołka.