Wnętrze Kaplica ma plan scentralizowany ze zgrupowanymi pilastrami w stylu jońskim na ścianach, na których spoczywa wysokie belkowanie. Nad nim wznoszą się cztery łuki i cztery pendentywy, które unoszą kopułę wraz z latarnią.
W apsydzie obraz tytularny z 1763 roku, który jest dziełem Rocco Buhagiara (1725–1805). Przedstawia Madonnę z Dzieciątkiem i św. Filipa Neri z aniołami. Poniżej znajduje się owalny obraz św. Jana Ewangelisty. To są dwaj święci patronowie don Ġwanna Filippu. Po obu stronach obrazu tytularnego ponad drzwiami prowadzącymi do zakrystii znajdują się dwa inne obrazy, również pędzla Rocco Buhagiara, przedstawiające św. Józefa i św. Alojzego Gonzagę. Konchę apsydy zdobi rzeźba z promieniującym krzyżem i dwoma aniołami. Kościół posiada również obrazy Via Sagra.
Nad drzwiami znajduje się empora organowa, która biegnie wokół dwóch bocznych ścian, i przez którą można wejść do domu obok kaplicy, zbudowanego przez don Ġwanna Filippu. W kaplicy można zobaczyć więcej pięknych rzeźb w ramach wokół obrazów, w gzymsach pod galerią i na drzwiach. Wszystkie wykonane zostały w kamieniu maltańskim.
W kościele znajduje się marmurowy grób Don Ġwann Filippu, który zmarł 9 grudnia 1782 roku.