W końcu kwietnia i na początku maja 1928 roku „Flores” wzięła udział w kolejnych ćwiczeniach w rejonie Małych Wysp Sundajskich i Cieśninie Makasarskiej, podczas których odwiedziła Makasar i Balikpapan oraz eskortowała uszkodzony okręt podwodny do Surabai. W 1929 roku na jednostce zaokrętowano nowszy model wodnosamolotu – Fokker C.VII-W.

24 października 1930 roku „Flores” wyszedł z Tanjung Priok jako eskorta parowca „Zuiderkruis” z gubernatorem Holenderskich Indii Wschodnich na pokładzie, zawijając do Hajfongu, Sajgonu i Bangkoku; powrót do portu wyjścia nastąpił 29 listopada. W maju 1931 roku „Flores” wzięła udział w akcji poszukiwawczej niemieckiego samolotu pasażerskiego Junkers, który zaginął na Morzu Timor. Od kwietnia do końca maja 1934 roku „Flores” pełniła służbę w rejonie Moluków i Nowej Gwinei, a na przełomie sierpnia i września wzięła udział w ćwiczeniach floty holenderskiej, zawijając podczas nich do Tanjung Priok. Również we wrześniu kanonierka odbyła rejs na Lombok, w 50. rocznicę ekspedycji naukowej badającej tę wyspę. W marcu 1935 roku „Flores” wraz z okrętem patrolowym „Sirius” zabezpieczały wzdłuż zachodniego wybrzeża Sumatry rejs parowca pasażerskiego „Both” z gubernatorem Holenderskich Indii Wschodnich na pokładzie.