W getcie panowały fatalne warunki bytowe i sanitarne, które pogarszały się wraz z napływem kolejnych fal przesiedleńców. Miejscowy szef Gestapo, Kurt Engels, wraz ze swym zastępcą Ludwikiem Klemmem zaprowadzili w Izbicy rządy terroru. Wkrótce zarysował się także poważny konflikt pomiędzy Żydami polskimi a Żydami zagranicznymi. Począwszy od marca 1942 roku, rozpoczęły się deportacje z Izbicy do obozów zagłady w Bełżcu i Sobiborze.
Getto tranzytowe w Izbicy istniało do listopada 1942 roku, a „getto szczątkowe” – do kwietnia 1943 roku. Przeszło przezeń około 20–26 tys. osób, spośród których niemal wszyscy zmarli lub zostali zamordowani.
Żydzi izbiccy w pierwszych latach okupacji thumb|Synagoga w Izbicy. W czasie okupacji mieścił się w niej prowizoryczny szpital thumb|Żydzi pracujący przy rozładunku amunicji na stacji kolejowej w Izbicy, lipiec 1941 W momencie wybuchu II wojny światowej w Izbicy mieszkało 5098 Żydów. Stanowili oni 95% populacji miasta.
15 września 1939 roku Izbica została zajęta przez wojska niemieckie. Thomas Blatt wspominał, że z rąk niemieckich żołnierzy zginęło wtedy sześciu Żydów.