Powrotowi Niemców do Izbicy towarzyszyła kolejna fala grabieży. Wkrótce wydano szereg zarządzeń wymierzonych w ludność żydowską. Ograniczały one m.in. swobodę przemieszczania się i prowadzenia działalności gospodarczej. Żydom narzucono także obowiązek noszenia opasek z gwiazdą Dawida. Na początku 1940 roku został powołany Judenrat, na którego czele stanął Abraham Blatt z kupcem Schneidermesserem jako zastępcą. W składzie rady znaleźli się ponadto: Mosser Sznajd, Milsztajn, Zylberberg, Bron, Klajner. Sformowano około czterdziestoosobową Żydowską Służbę Porządkową (ŻSP). Niezależnie od nich w Izbicy działała filia Żydowskiej Samopomocy Społecznej (ŻSS), która prowadziła kuchnię ludową oraz prowizoryczny szpital. Ten ostatni mieścił się w zrujnowanym budynku synagogi. Był zdolny pomieścić tylko 40 chorych, a rolę stołu operacyjnego pełnił tam zwykły, kuchenny stół.
W Izbicy nie utworzono zamkniętej dzielnicy żydowskiej, a miejscowi Żydzi i chrześcijanie przez cały okres okupacji mieszkali obok siebie, niekiedy nawet w tych samych domach. Niemniej Izbica była postrzegana przez niemieckie władze okupacyjne jako Judenstadt („żydowskie miasto”). Żydom nie wolno było jej opuszczać, obowiązywały także pewne ograniczenia w poruszaniu się w obrębie miasta.