Prezbiterium z absydą jest nieco węższe od szerokości całej kaplicy i jest podwyższone od nawy o stopień. W środku jest jeden kamienny (Camilleri podaje "drewniany") ołtarz z prostą predellą zawierającą małe tabernakulum. Na predelli prosta szklana gablota, w której umieszczona jest monstrancja Najświętszym Sakramentem dla kultu wiernych. Ołtarz zdobi także zestaw sześciu świeczników. Po obu stronach ołtarza znajdują się niewielkie figury aniołów na żelaznych cokołach.
Po lewej stronie ołtarza znajdują się drzwi prowadzące do niewielkiego schowka oraz krótka kamienna ławeczka. W przedniej części kościoła, wysoko nad ołtarzem i nad obrazem tytularnym, znajduje się dość duże kwadratowe okno, które rzuca światło na prezbiterium, brak jest natomiast okna nad głównymi drzwiami, jak zazwyczaj bywa w małych kaplicach.
Obecnie podłoga jest w całości wykonana z płyt wapiennych, zarówno w części nawy jak i prezbiterium.