Czwarty rejs bojowy 22 maja 1943 roku „U-flak 1” wyszedł z Brestu na swoją czwartą misję bojową. 24 maja o godzinie 20:50 na wodach Zatoki Biskajskiej płynący na powierzchni okręt został zaatakowany przez łódź latającą Short Sunderland nr EJ139 z 228. Dywizjonu RAF Coastal Command, pilotowaną przez por. pil. H.J. Debnama. U-Boot ostrzelał samolot, ciężko go uszkadzając, lecz ten spadając do morza, zdążył zrzucić na U-Boota pięć bomb głębinowych, powodując uszkodzenie okrętu i raniąc obsadę pomostu (w wyniku zestrzelenia zginęła cała, 11-osobowa załoga samolotu). Uszkodzony „U-flak 1” powrócił do bazy w Breście 25 maja, gdzie trafił do stoczni na remont.
Piąty rejs bojowy W swoją piątą misję bojową okręt wyszedł z Brestu 8 lipca. 12 lipca na wodach Zatoki Biskajskiej płynący na powierzchni U-Boot stał się celem ataku trzech samolotów myśliwsko-bombowych Bristol Beaufighter z 248. Dywizjonu RAF. Skoordynowane ataki samolotów mimo otworzenia silnego ognia przeciwlotniczego przez „U-flak 1” doprowadziły do śmierci 10 i zranienia 13 członków załogi okrętu podwodnego, w tym dowódcy i wszystkich oficerów. Dowodzenie objął lekarz okrętowy, kpt. mar.