Funkcjonował także przy GOM Samodzielny Ośrodek Duszpasterstwa Wojskowego w Czarnem w kościele parafialnym, należący do parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny w Czarnem, diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej.

W 2001 roku nastąpiła zmiana podporządkowania z 8 DOW pod WSzW Gdańsk. Od 2003 roku GOM w Czarnem był jednostką budżetową. W 2005 roku zmieniła się po raz kolejny podległość służbowa i przeszedł w podporządkowanie dowództwa Pomorskiego Okręgu Wojskowego w Bydgoszczy i pozostał w jego strukturach do rozformowania. GOM był następcą prawnym po rozwiązanym poligonie Okonek, którego tereny przekazał w 2011 roku dla Lasów Państwowych.

Garnizonowy Ośrodek Mobilizacyjny w Czarnem do końca 2011 roku został rozformowany, a jego ostatnim komendantem był ppłk mgr inż. Andrzej Szutowicz. W miejsce GOM Czarne utworzono Grupę Zabezpieczenia 6 WOG oraz Miejsce Składowania Sprzętu 1 Rejonowej Bazy Logistycznej. Struktura komenda GOM komenda Garnizonu Czarne