W 1991 roku w Tunezji skazano go zaocznie na karę dożywotniego więzienia. Wyrok został powtórzony w 1999 roku.
Powrót do Tunezji W czasie arabskiej wiosny, w związku z trwającymi od grudnia 2010 roku w Tunezji zamieszkami antyrządowymi przeciw bezrobociu i złym warunkom życia, władze ogłosiły 14 stycznia 2011 roku wprowadzenie stanu wyjątkowego. Tego samego dnia dotychczasowy prezydent kraju Zajn al-Abidin ibn Ali, sprawujący to stanowisko od 23 lat, rozwiązał rząd i opuścił kraj, udając się do Arabii Saudyjskiej. Rząd tymczasowy wprowadził amnestię, którą objęty został między innymi Raszid al-Ghannuszi.
W styczniu 2011 roku powrócił z emigracji. Agencja Reutera doniosła, że gdy wylądował w Tunisie tysiące ludzi zgromadziło się na międzynarodowym lotnisku, żeby go powitać. Skandowano Allah Akbar! i zaintonowano hymn narodowy.
Al-Ghannuszi wrócił do czynnej polityki i pozostał przewodniczącym Partii Odrodzenia. W wyborach generalnych w 2011 roku jego partia zdobyła 37,04% głosów, zdobywając najwięcej miejsc w parlamencie, co umożliwiło jej utworzenie rządu. W 2014 roku rząd uchwalił nową konstytucję i oddał władzę bezpartyjnemu premierowi Mahdiemu Dżumie.