Panowanie Władca na początku swojego panowania wszedł w konflikt z wielkim wezyrem, który przyłączył do Imperium Osmańskiego Otranto i wbrew instrukcjom władcy kontynuował kampanię we Włoszech. Władca nakazał zamordowanie wezyra, który został przez niego stracony 18 listopada 1482 roku. 3 lipca 1503 Leonardo da Vinci wysłał do niego list, oferując mu swoje usługi inżynierskie. Oferował mu m.in. zbudowanie mostu w Konstantynopolu. Do realizacji przedsięwzięcia jednak nie doszło. Sułtan interesował się kosmografią i filozofią, uważany był za gorliwego muzułmanina. Sułtan zbudował wiele szpitali, meczetów i mostów.
Walki z Chrześcijanami Tuż po śmierci Mehmeda II na bałkańskie posiadłości Osmanów spadł najazd Węgrów, którzy złupili tereny pograniczne i pokonali Turków w kilku mniejszych bitwach. W następnych latach (1483-1487) obowiązywał pięcioletni rozejm między Bajazydem II a królem Maciejem Korwinem (który oskarżył sułtana o jego złamanie po ataku na Mołdawię w 1484). W 1483 roku przyłączył pod bezpośrednią kontrolę Osmanów całość Hercegowiny. W 1484 roku Bajazyd II zaatakował państwo mołdawskie Stefana Wielkiego i zdobył nadczarnomorskie porty – Kilię i Białogród. Zdobycie portów sprawiło, iż Imperium Osmańskie uzyskało bezpośrednie połączenie lądowe ze swym wasalem – chanatem Krymskim.