Zbrojne ramię partii, dowodzone przez Ahmada Szaha Masuda, działało aktywnie przeciwko komunistom w czasie radzieckiej interwencji, następnie przeciwko władzy Talibów. Za granicą wzięło również udział w I wojnie w Zatoce Perskiej, opowiadając się po stronie Kuwejtu. Podczas działań wojennych w kraju, siły Stowarzyszenia Muzułmańskiego dokonywały zbrodni wojennych na ludności cywilnej.
22 października 2011 roku, dwa dni po śmierci Burhanuddina Rabbaniego zorganizowano wybory na nowego lidera partii; został nim jego syn, Salahuddin.
23 maja 2017 roku powołano 64-osobową radę kierowniczą partii, w której skład weszły trzy kobiety.
Struktury partii Stowarzyszeniem Muzułmańskim zarządza centralna komisja, w której skład wchodzą przewodniczący partii, jego zastępca oraz asystent do spraw administracji i finansów. Partia posiada również 10 komisji wykonawczych.
Program partii
Postulaty społeczne