Na początku lutego 1946 r. doszło do pierwszych aresztowań żołnierzy podziemia. Dzięki pozyskaniu do współpracy Stanisława Rachuby ps. „Karlik” z Kacic Urząd Bezpieczeństwa pozyskał informacje pozwalające na aresztowanie 43 osób z terenu powiatu pułtuskiego. Wśród aresztowanych znaleźli się oficerowie z dowództwa obwodu. W maju 1946 r. warszawski Wojskowy Sąd Rejonowy na sesji wyjazdowej w Pułtusku, osądził 17 żołnierzy podziemia, a wobec trzech z nich orzekł karę śmierci. W wyniku „wsypy” Obwód Pułtuski ROAK został przeorganizowany, a na jego czele stanął Mieczysław Żebrowski ps. „Kordian”. Jego działalność została przerwana 3 lipca, kiedy to został aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa. W wyniku śledztwa dokonano dalszych aresztowań na terenie powiatu. Do końca sierpnia aresztowano 31 żołnierzy podziemia, a w późniejszym czasie liczba zatrzymanych nadal rosła. Jesienią 1946 r., na skutek aresztowań oraz akcji ujawnieniowej, Obwód Pułtuski ROAK został zdezorganizowany i wszedł w skład struktur Narodowego Zjednoczenia Wojskowego. Został oznaczony kryptonimami „Paulina” i „Narwik”.