Ponadto wyjechał na misję do Ekwadoru, aby przeprowadzić badania na temat chorób związanych ze spożywaniem ziaren kakaowych.
W czerwcu 1932 Cifferi wrócił do Włoch, aby wznowić badania nad fitopatologią. Był wspierany stypendiami Instytutu Botanicznego w Pawii i Obserwatorium Fitopatologii w Palermo. W tym samym roku uzyskał uprawnienia do nauczania Mikrobiologii Rolniczej jako pracownik naukowy. Rok później został wicedyrektorem Laboratorium Kryptogamicznego w Pawii. Wykładał również na kursach fizjologii roślin i botaniki ogólnej. W latach 1934–1935 wyjeżdżał do Somalii organizować usługi rolnicze i fitopatologiczne. W 1936 r. wygrał konkurs na nauczanie botaniki na Uniwersytecie Florenckim. W 1942 roku został dyrektorem wykonawczym Instytutu Botanicznego i Laboratorium Kryptogamicznego w Pawii, osiągając najlepszą pozycję w dziedzinie swoich badań naukowych. Podczas II wojny światowej sympatyzował z ruchem oporu. Zmusiło go to do szukania schronienia przed niemieckimi represjami w Langhe. Po zakończeniu wojny Raffaele Cifferri ciężko pracował nad odnowieniem działalności naukowej w Pawii. Zmarł 12 lutego 1964 roku w Pawii w wieku 66 lat. Był autorem licznych prac naukowych. W latach 1921–1964 napisał blisko 1500 publikacji (krótkie notatki i duże tomy).