Jak podaje Encyclopedia of Camps and Ghettos, w ciągu pierwszych 21 miesięcy okupacji Niemcy zamordowali w Rejowcu około dziesięciu Żydów. Na ludność żydowską nakładano kontrybucje, odbywały się także łapanki na roboty przymusowe. Rejowieccy Żydzi pracowali m.in. w majątku ziemskim należącym do rodziny Budnych, w tartaku w Zawadówce oraz w Chełmie. Przyznane Żydom urzędowe przydziały żywności były bardzo niewielkie, niemniej nadal mieli oni możliwość handlowania z polskimi rolnikami, co pozwoliło zapobiec klęsce głodu. W lutym 1941 roku na rejowieckim rynku niemieccy policjanci spalili zwój Tory oraz inne judaistyczne księgi, a Żydów zmusili, by tańczyli wokół płonącego stosu. Niedługo później Niemcy zniszczyli synagogę oraz klojz.
Rejowiec pełnił funkcję miejsca koncentracji Żydów wysiedlonych z innych regionów okupowanej Polski. Na przełomie 1940 i 1941 roku osiedlono tam 210 Żydów wypędzonych z Krakowa. Z kolei w marcu 1941 roku w Rejowcu rozlokowano 930 Żydów wysiedlonych z Lublina. Według Roberta Kuwałka całkowita liczba Żydów przesiedlonych w tym okresie do Rejowca sięgnęła 1,3 tys.