Szkoła powstała z inicjatywy Krystyny Starczewskiej. „Bednarska” była pierwszą szkołą społeczną, która powstała w Polsce po II wojnie światowej jako zdobycz ustaleń stolika oświatowego Okrągłego Stołu. Utworzono ją w kilka miesięcy po zamknięciu obrad, w 1989. W 1988 Maria Krzysztof Byrski, dziekan Instytutu Orientalistyki Uniwersytetu Warszawskiego, wsparł grupę chcącą stworzyć niezależną szkołę i udostępnił salę na miejsce spotkań dla rodziców, uczniów i uczennic oraz kadry nauczycielskiej. Planowano program dydaktyczny i wychowawczy nowej demokratycznej szkoły. Szkołę współzałożyli: Irena Dzierzgowska, Antoni Hoffman, Nina Hoffman, Marzena Okońska i Włodzimierz Paszyński oraz Jan Wróbel.
Szkołę we wrześniu 1989 otwierał m.in. prof. Bronisław Geremek. Naukę rozpoczęły 4 klasy. Zajęcia odbywały się w świetlicach domów akademickich Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego na Ursynowie (akademiki o nazwach Adara, Cezar, Dendryt, Feniks – w nim uczyła się klasa Hilton). Kiedy rozwiązano PZPR, siedzibą szkoły stał się budynek łazienek Teodozji Majewskiej przy ul. Bednarskiej 2/4 przejęty przez Uniwersytet Warszawski po szkole partyjnej. Przeprowadzkę zrealizowano w lutym 1990. Do 2013 szkoła wynajmowała sale gimnastyczne i baseny w Warszawie, by prowadzić zajęcia wychowania fizycznego.