Pod wpływem swego męża całkowicie odmieniła swoje życie. Zbliżyła się do środowisk patriotycznych i rozpoczęła współpracę z wydawanym na własny koszt wileńskim „Pamiętnikiem Naukowo-Literackim”. Zamieszczała swoje prace pod różnymi pseudonimami m.in.: Zofia z Brzozówki, Alkar, Baltazar Milejko, Zofia Jaskółka. Publikowała gawędy krytycznoliterackie, utwory satyryczne, publicystykę, powieści.
Napisała powieść w dwóch tomach Chorzy i zdrowi oraz opowiadania Człowiek niewidzialny, czyli Cudownym kapelusz.
Pod koniec grudnia 1850 władze carskie zamknęły czasopismo a jego pracownicy zostali aresztowani. Pod koniec stycznia następnego roku Zofia Klimańska została zesłana do Orenburga, gdzie w następnym roku trafił również jej mąż Napoleon. Po powrocie w 1860 osiadła w majątku męża w Dydeliszkach w kowieńskiej guberni. Nie zaprzestała działalności dziennikarskiej. Pisała do „Kuriera Wileńskiego”, „Gazety Rolniczej”, „Tygodnika Illustrowanego”, „Rodziny”, „Opiekuna Domowego”, „L'Illustration”, „Siecle” i „Allgemeine Zeitung”.