W 1374 r. prepozyt miechowski został wikariuszem generalnym na całą Polskę i kraje sąsiednie. W czasach wielkiej schizmy zachodniej (1378–1418) uwolnił się od zwierzchnictwa patriarchy, opowiedział się po stronie papieża i uzyskał papieską konfirmację. Odtąd klasztor miechowski był podporządkowany Stolicy Apostolskiej. W tych czasach biskup Maciej Janina wprowadził kanoników regularnych św. Grobu do Leżajska i Przeworska. W latach 1411–1819, na mocy bulli papieskiej, prepozyci generalni miechowscy mieli prawo używania insygniów biskupich: infuły, pastorału, pierścienia, dalmatyki, a także prawo udzielania ludowi błogosławieństwa pasterskiego.
Do XVI wieku powstały łącznie 32 ośrodki zakonu w Polsce. Aż do drugiej połowy XVI wieku wszystkie one podlegały bezpośrednio prepozytowi generalnemu z siedzibą w Miechowie. Prepozyt miechowski podlegał bezpośrednio patriarsze jerozolimskiemu, który zatwierdzał jego wybór. Później jednak, dla lepszej kontroli działalności zakonu i sprawniejszego zarządzania, konieczny stał się podział na cztery prowincje: małopolską, wielkopolską, mazowiecką i ruską. W 1774 r. kongregacja miała w Polsce 88 kapłanów i 19 kleryków.