W sierpniu 1939 roku objął kierownictwo Komisji Pogotowia oraz funkcję p.o. Naczelnika Harcerzy po wyjeździe Zbigniewa Trylskiego z kraju oraz zmobilizowaniu szefa Głównej Kwatery Harcerzy, Tadeusza Borowieckiego. Po apelu pułkownika Romana Umiastowskiego. W dniu 6 września 1939 r. wyruszył z batalionem harcerskim w kierunku Mińska Mazowieckiego. Po agresji ZSRR na Polskę (17 września 1939) i rozwiązaniu batalionu, powrócił do Warszawy na początku października i od razu zaczął nawiązywać konspiracyjne kontakty. Został członkiem kierownictwa Szarych Szeregów.
Aresztowanie i śmierć W marcu 1940 r. wyruszył do Wilna, by poznać sytuację tamtejszego podziemnego harcerstwa. Podczas przekraczania granicy litewsko-białoruskiej w Ejszyszkach został aresztowany a następnie osadzony w więzieniu w Lidzie. W maju 1940 r. przewieziony do więzienia NKWD w Mińsku i tu wielokrotnie przesłuchiwany nie przyznał się do zarzucanych mu czynów (m.in. działania przeciwko sowieckiej władzy). W 1941 roku Kolegium Sądu Najwyższego ZSRR wydało na niego wyrok śmierci przez rozstrzelanie.