Główne cele misji źródło . Przeprowadzenie badań i pobranie próbek gruntu w rejonie krateru Kartezjusza. . Ustawienie instrumentów ALSEP i innej aparatury naukowej. . Wykonanie eksperymentów w trakcie lotu (fotografowanie powierzchni Księżyca z orbity okołoksiężycowej).
Misja Apollo 16 rozpoczął podróż bez opóźnień. Saturn V działał prawidłowo wynosząc statek na orbitę okołoziemską o parametrach 169,1 na 167,7 km. Manewr TLI, (trans-lunar injection) – opuszczenie orbity okołoziemskiej (manewr wykonywany przez statek w celu przelotu na Księżyc), nastąpił w trakcie drugiego okrążenia. W trakcie dokowania Apolla i LM wokół lądownika astronauci zauważyli drobiny nieznanego pochodzenia. W związku z tym po połączeniu (w ósmej i siedemnastej minucie lotu) przeprowadzili inspekcję LM. Wszystkie systemy lądownika były sprawne. Okazało się, że przyczyną niepokoju załogi były płatki farby ochronnej, która oderwała się od lądownika.Pierwsze uruchomienie silników pomocniczych trzeciego stopnia rakiety APS (Auxiliary Propulsion System), mające na celu skierowanie członu S-IVB na kurs kolizyjny z Księżycem odbyło się zgodnie z planem. Uderzenie w Księżyc nastąpiło w 75 godzinie 8 minucie lotu, około 320 km na północny wschód od wyznaczonego celu.