Matuszewskiego na pięciu księży, którzy rozgłaszali nieprzychylne dyktatorskiej władzy poglądy, w odwecie za zwolnienie go z funkcji kapelana w szpitalu we Fromborku. Po wyjściu z więzienia ks. Szarnowski przebywał w Braniewie. 11 czerwca 1943 biskup powierzył mu parafię w Butrynach, w której większość stanowiła ludność polska. Po wkroczeniu Rosjan do Prus Wschodnich w 1945 roku nie opuścił swojej parafii jak wielu warmińskich duchownych. Dzięki dobrej znajomości języka polskiego starał się pomagać mieszkańcom i chronić ich przed przemocą ze strony „wyzwolicieli”, choć nie zawsze było to możliwe.
Po wojnie nowy administrator apostolski ks. Teodor Bensch odtworzył przedwojenny związek Caritas. 31 października 1945 roku mianował na stanowisko dyrektora księdza Szarnowskiego, odwołując go jednocześnie z parafii w Butrynach. Na siedzibę Caritasu wybrano po wojnie mniej zniszczony Olsztyn zamiast Braniewa. Ks. Szarnowski, posiadając bogate doświadczenie z okresu przedwojennego, zabrał się do tego dzieła z wielkim zaangażowaniem, gdyż potrzebujących w tym czasie było bardzo wielu. Starał się między innymi o przydział paczek UNRRA, osobiście udając się po nie do Warszawy samochodem ciężarowym z kierowcą, później rozdzielał żywność i odzież potrzebującym.