Historia śledzi losy młodego pilota Nagate Tanikaze, który od urodzenia mieszkał w podziemnej warstwie Sidonii i był wychowywany przez swojego dziadka. Nigdy nie spotkawszy nikogo innego, codziennie szkoli się na starym symulatorze Gwardy, w końcu opanowując go. Po śmierci dziadka wychodzi na powierzchnię w celu poszukiwania jedzenia, jednak przez swoją nieostrożność zostaje złapany i wybrany na jednego z pilotów, akurat w momencie, gdy Sidonia ponownie zostaje zaatakowana przez obcych.
Bohaterowie
Manga Seira ukazywała się w magazynie „Gekkan Afternoon” wydawnictwa Kōdansha od 25 kwietnia 2009 do 25 września 2015. Została również opublikowana w 15 tankōbonach, wydanych między 23 września 2009 a 20 listopada 2015.
W Polsce manga ukazała się nakładem wydawnictwa Kotori.
Anime Adaptacja w formie telewizyjnego serialu anime została wyprodukowana przez studio Polygon Pictures. Była emitowana od 10 kwietnia do 26 czerwca 2014 w stacji MBS, a później również w TBS, CBC i BS-TBS. Została wyreżyserowana przez Kōbuna Shizuno i Hiroyukiego Seshitę, scenariusz napisał Sadayuki Murai, postacie zaś zaprojektował Yuki Moriyama. Od 4 lipca 2014 seria była również dostępna na platformie Netflix, stając się pierwszym oryginalnym serialem anime w serwisie.