Stan osobowy jednostek stacjonujących w obwodzie wynosił: w 1991 – 69 000, w 1992 – około 295 200. Po 1993 liczbę żołnierzy systematycznie redukowano. Część demobilizowano, a część przebazowano w głąb Rosji. W 1998 roku w eksklawie stacjonowało już tylko około 60 000 żołnierzy. Kolejne redukcje sprawiły, że liczebność wojsk zmalała w roku 2000 do 25 000 żołnierzy.
Sytuacja geopolityczna w rejonie wymusiła przyjęcie na teren enklawy wojsk wycofywanych z krajów nadbałtyckich, a tym samym reorganizację struktur wojskowych. Bałtycki Okręg Wojskowy przemianowano na Północno-Zachodnią Grupę Wojsk, a 1 stycznia 1995 roku utworzono na jej bazie Kaliningradzki Rejon Specjalny.
Kolejnym etapem reorganizacji było utworzenie w 1997 Zgrupowania Sił Lądowych Wojsk Brzegowych Floty Bałtyckiej, które podporządkowano dowódcy Floty. W strukturach Floty Bałtyckiej utworzono także zintegrowany system obrony powietrznej.
Na bazie Floty Bałtyckiej utworzono unikatową strukturę wojskową, w skład której wchodziły zarówno siły morskie, jak też wojska lądowej obrony wybrzeża, oraz siły i środki obrony powietrznej. Dowódca Floty był jednocześnie komendantem Kaliningradzkiego Specjalnego Rejonu Obronnego.