Sezon 2002/2003 w Premiership Barthez zakończył zdobyciem drugiego tytułu mistrza Anglii. 1 grudnia 2002 w wygranym wyjazdowym meczu ligowym z FC Liverpoolem (2:1) Barthez obronił strzał z 30 metrów, oddany przez pomocnika The Reds, Dietmara Hamanna. Po następnych meczach Manchesteru United Barthez był krytykowany za grę w meczu ćwierćfinałowym z Realem Madryt, gdyż dał się pokonać Brazylijczykowi Ronaldo z najbliższej odległości. Ten mecz okazał się ostatnim oficjalnym meczem Bartheza w barwach Czerwonych Diabłów, gdyż trener Alex Ferguson w trzech ostatnich meczach postawił na rezerwowego bramkarza, Roya Carrolla, zaś w Barthez następnym sezonie przegrał rywalizację z Timem Howardem.
Powrót do Marsylii W sezonie 2003/2004 w wyniku przybycia na Old Trafford amerykańskiego bramkarza, Tima Howarda, pozycja Bartheza w Manchesterze United zaczęła słabnąć. W związku z tym działacze Czerwonych Diabłów zgodzili się na wypożyczenie francuskiego golkipera do końca sezonu do Olympique Marsylia, w którym Barthez odnosił pierwsze sukcesy w profesjonalnej karierze. Jednak FIFA zablokowała umowę wypożyczenia na podstawie jego nieuzgodnienia w ramach międzynarodowego okienka transferowego. Oba kluby uzgodniły umowę w przerwie zimowej i 1 stycznia 2004 Barthez po prawie 9 lat powrócił na Stade Vélodrome.