Po aferze dopingowej Bernarda Lamy w 1997 roku Fabien Barthez został pierwszym bramkarzem Tricolores podczas zwycięskiego dla nich Mundialu 1998, których Franuzi byli gospodarzami. Barthez w siedmiu rozegranych meczach puścił tylko dwa gole, co dało mu nagrodę im. Lwa Jaszyna, przeznaczonej dla najlepszego bramkarza mistrzostw świata..
Barthez był znany podczas turnieju również z tego, że jego najbliższy kolega z drużyny Laurent Blanc zawsze przed meczem całował jego łysą głowę, co według Blanca miało przynosić powodzenie podczas meczu. Barthez miał spory udział w zdobyciu przez Francję pierwszego od 20 lat mistrzostwa świata wywalczonego przez gospodarza, kiedy Argentyna wygrała na własnym terenie Mundial 1978. Podczas zwycięskiego meczu finałowego z Brazylią na Stade de France (3:0), Barthez bronił strzały gwiazd Canarinhos. Po tym Mundialu Barthez stał się drugim po Zinedinie Zidanie najpopularniejszym piłkarzem we Francji.