Do początku lat 90. XX wieku stan infrastruktury zoo uległ pogorszeniu. W 1992 roku pękła 10-calowa rura, pozostawiając połowę zoo bez dostępu wody. Następnego dnia przedstawiciele władz miasta uchwalili plan o wartości 300 milionów dolarów, który został opracowany w celu rozwiązania problemów związanych z infrastrukturą oraz wybiegami. W 1995 roku z powodu panujących warunków zoo prawie straciło akredytację, jednak odbiło się od dna pod rządami nowego dyrektora.
W 1998 roku zostało otwarte Chimpanzees of the Mahale Mountains, następnie Red Ape RainForest w 2000 roku, Komodo Dragon Exhibit, Winnick Family Children Zoo w 2001 roku, Entry Plaza, Children's Discovery Center i Sea Lion Cliffs (obecnie Sea Life Cliffs) w 2005 roku, Campo Gorilla Reserve w listopadzie 2007 roku, Elephants of Asia zimą 2010 roku, oraz LAIR (Living Amphibians, Invertebrates, and Reptiles) w 2012 roku.
26 czerwca 2012 roku szympansie niemowlę, urodzone przez Gracie – członkinię 15-osobowego plemienia szympansów (jedno z największych plemion szympansów w północnoamerykańskim zoo) zostało śmiertelnie okaleczone przez dorosłego samca szympansa.