Po objęciu przez niego stanowiska faktycznie znacząco wzrosła dotacja przekazywana PZT przez Ministerstwo Sportu i Turystyki, a sponsorem strategicznym została Grupa Lotos.
Kontrowersje Pod koniec października 2022 Onet.pl opublikował tekst, w którym jego dziennikarze zarzucili Skrzypczyńskiemu stosowanie przez lata przemocy psychicznej oraz fizycznej wobec trenowanych zawodniczek i zawodników, których m.in. miał bić sztachetą. W podobnym tonie wypowiedziała się Katarzyna Kotula, posłanka na Sejm RP. Zarzuciła ona Skrzypczyńskiemu, iż molestował ją seksualne, gdy miała 13 lat i była zawodniczką klubu Energetyk Gryfino, co potwierdziła prokuratura. Skrzypczyński oskarżył Kotulę o zniesławienie, jednak sąd w lutym 2026 umorzył postępowanie w tej sprawie.
Sprawa odbiła się szerokim echem medialnym. Po tych doniesieniach minister aktywów państwowych Jacek Sasin, który nadzorował część państwowych spółek, zapowiedział nierekomendowanie im dalszego finansowania Polskiego Związku Tenisowego do czasu wyjaśnienia sprawy lub rezygnacji Mirosława Skrzypczyńskiego. Spółki Skarbu Państwa są głównym mecenasem polskiego sportu, w tym również Polskiego Związku Tenisowego.