Inkwizycja i asymilacja W epoce kontrreformacji starania o wchłonięcie tej kongregacji przez katolicyzm stały się bardziej systematyczne. Grecy, którzy nadal byli prawosławni, wielokrotnie składali przysięgi unii z katolicyzmem jako wspólnota obrządku bizantyjskiego, ale pozostały one formalne. W latach siedemdziesiątych XVI wieku kardynał Giulio Antonio Santoro i rzymska inkwizycja odnotowali, że greccy „heretycy” opierali się takim próbom, biorąc swoje krzyżmo wyłącznie od ich „orientalnego prałata”. W roku 1575 w Birgu było 74 grekokatolików. Ich proboszcz, Emmanuel Metaxí, rozgniewał katolickich zwierzchników, pomijając odniesienia do Filioque i ignorowanie kalendarza gregoriańskiego. Inni Grecy obrządku bizantyjskiego byli ścigani za podobne przestępstwa związane z kalendarzem, co skłoniło księdza Constantina Sguro do zwrócenia się o poradę do Stolicy Apostolskiej. W innym przypadku pięć córek greckiego księdza zostało formalnie zbadanych przez Inkwizycję po oskarżeniach, że praktykowały czary przy użyciu krzyżma. W roku 1600 Metaxí przekazał kaplicę Matki Bożej z Damaszku mnichom z Kościoła Synaju; co niezwykłe, przekazanie to zostało kontrasygnowane przez katolickiego arcybiskupa Tomása Gargallo. Mnisi, którzy również zaspokajali potrzeby Greków w Bormli, przypuszczano, że byli konwertytami na katolicyzm, ale później okazało się, że pomijają Filioque.