Po wybuchu II wojny światowej, w pierwszych dniach września 1939 roku jadwiżanki wraz z harcerzami-wychowankami utworzyły lazaret. 13 października 1941 roku zostały one wysiedlone, dzieci przekazano do innych sierocińców, a ich siedzibę przeznaczono dla szkoły pielęgniarskiej i administracji.
Siostry jadwiżanki powróciły do bogucickiego klasztoru w styczniu 1945 roku, a w lutym uruchomiły Dom Dziecka im. ks. Leopolda Markiefki (pierwszy powojenny sierociniec na terenie Katowic), a następnie przedszkole. Początkowo utrzymywały się z darowizn, pomocy UNRRA oraz władz miejskich.
Klasztor w 1945 roku stał się siedzibą Prowincji Katowickiej Zgromadzenia Sióstr Świętej Jadwigi. Od 1949 roku ograniczano wpływ sióstr na pracę domu dziecka, a w 1955 roku nakazano im zamknąć przedszkole. W 1961 roku dotychczasowych wychowanków domu dziecka przeniesiono do innych placówek, a w Bogucicach umieszczono dzieci lekko upośledzone. Sam natomiast zakład przeszedł w zarząd prorządowego Zrzeszenia Katolików Caritas, a budynki upaństwowiono.