W listopadzie 1987 roku w stoczni Kockums rozpoczęła się przebudowa „Näcken”, podczas której przedłużono kadłub o 8 metrów. Celem przebudowy było dodanie napędu niezależnego od powietrza atmosferycznego (ang. Air Independent Propulsion – AIP). W nowej sekcji kadłuba znalazł się moduł napędowy wyposażony w dwa silniki Stirlinga. Dzięki modernizacji okręt mógł pozostawać w zanurzeniu do 14 dni. Pozytywne doświadczenia z eksploatacji nowego rodzaju napędu, zaowocowały projektem modernizacji okrętów typu Västergötland z wykorzystaniem silników Stirlinga, a także budową nowych okrętów typu Gotland, które zostały wyposażone w napęd AIP już na etapie projektowania. W 1998 roku, ze względów oszczędnościowych, rozpoczął się proces wycofywania okrętów typu Näcken. Początkowo były to jednostki „Neptun” i „Najad”. W 2001 roku „Näcken” został wydzierżawiony Danii. Zwrócony w 2004 roku, został ostatecznie złomowany w 2016 roku. thumb|„Neptun” (po prawej) jako eksponat w Marinmuseum, Karlskrona Po wycofaniu ze służby w 1998 roku, „Neptun” w 2008 roku został przekazany jako eksponat do Muzeum Marynarki Wojennej Marinmuseum w Karlskronie, gdzie po renowacji służy od 2014 roku jako eksponat.