Na początku XVIII w. została przekształcona wschodnia część kościoła, w związku z czym został on przeorientowany ołtarzem na zachód. Współczesny wygląd barokowego stylu kościół św. Jana Chrzciciela przybrał w latach 70. XVIII w., kiedy ponownie został przebudowany od fundamentów. Ta potężna bezwieżowa i bezapsydowa, prostokątna w planie bazylika, której fasady główna i ołtarzowe ozdobione są figurowymi frontonami, nie ma zakrystii. Osiem słupów dzieli wnętrze świątyni na trzy nawy – centralna jest przykryta sklepieniem cylindrycznym, boczne – krzyżowymi. Głównym akcentem wnętrza są iluzoryczne malowidła ściany ołtarzowej ze sceną "Chrztu Pańskiego" w centrum.
Od strony południowo-zachodniej do kościoła dobudowano piętrowy korpus klasztorny w kształcie litery "U". W ten sposób stworzył się dwór wewnętrzny – klaustrum. Korpus również został przebudowany w ciągu XVII-XVIII stuleci i kiedyś posiadał dwie sześciościenne wieże na południowym i zachodnim (dolny poziom został zachowany) kątach. Wejście na terytorium klasztoru w II poł. XIX w. było ozdobione dwupoziomową ceglaną i otynkowaną bramą-dzwonnicą w stylu klasycyzmu.