Wraz z dotarciem do szerszego kręgu osób spokrewnionych z ofiarami zbrodni ponarskiej oraz osób zainteresowanych historią Polaków na Kresach podjęta została decyzja o sformalizowaniu działalności. Stowarzyszenie zostało wpisane do Krajowego Rejestru Sądowego 8 lipca 2002 r. Stowarzyszenie organizuje w Warszawie cykliczne uroczystości majowe upamiętniające zbrodnię ponarską, a także modlitwy na cmentarzu powązkowskim w dniu wszystkich świętych. Od 2014 r. organizowane są przez Stowarzyszenie w Wilnie i na Wileńszczyźnie Uroczystości Ponarskie, które mają zarówno charakter memoratywny, jak i edukacyjny

W trakcie dotychczasowej działalności Stowarzyszenie ufundowało w kościołach oraz na cmentarzach szereg tablic i pomników upamiętniających zbrodnię w Ponarach. Jego członkowie, a zwłaszcza Helena Pasierbska, opublikowali wiele artykułów i książek związanych z tą tematyką. Stowarzyszenie bierze udział w Wilnie w obchodach Dnia Pamięci Ofiar Ludobójstwa Żydów podczas których oddaje hołd ofiarom ludobójstwa narodowości żydowskiej oraz polskiej. Za swą działalność Stowarzyszenie zostało w 2017 r. uhonorowane przez tygodnik „Do Rzeczy” nagrodą Strażnik Pamięci.