W skład Instytutu wchodzą: Katedra Medycyny Tropikalnej i Parazytologii (Krajowy Ośrodek Medycyny Tropikalnej)Katedra Medycyny Tropikalnej i Parazytologii (Krajowy Ośrodek Medycyny Tropikalnej) Zakład Parazytologii Tropikalnej Zakład Medycyny Tropikalnej i Epidemiologii Klinika Chorób Tropikalnych i Pasożytniczych Klinika Medycyny Hiperbarycznej i Ratownictwa Morskiego – Krajowy Ośrodek Medycyny HiperbarycznejKlinika Medycyny Hiperbarycznej i Ratownictwa Morskiego – Krajowy Ośrodek Medycyny Hiperbarycznej Klinika Chorób Zawodowych, Metabolicznych i Wewnętrznych – Krajowy Ośrodek Medycyny MorskiejKlinika Chorób Zawodowych, Metabolicznych i Wewnętrznych – Krajowy Ośrodek Medycyny Morskiej Klinika Kardiologii i Chorób WewnętrznychKlinika Kardiologii i Chorób Wewnętrznych jednostki zlokalizowane w Gdańsku: Zakład Immunobiologii i Mikrobiologii ŚrodowiskaZakład Immunobiologii i Mikrobiologii Środowiska Zakład Endokrynologii Klinicznej i DoświadczalnejZakład Endokrynologii Klinicznej i Doświadczalnej
Działalność lecznicza komórek IMMiT realizowana jest w ramach Uniwersyteckiego Centrum Medycyny Morskiej i Tropikalnej.