Wymagało to podziału dotychczasowego jednolitego instytutu badawczego pod względem organizacyjnym na dwie części: piony naukowo-badawcze i dydaktyczne zostały włączone bezpośrednio do struktur uczelni jako Międzywydziałowy Instytut Medycyny Morskiej i Tropikalnej (MIMMiT), natomiast pion usługowy stał się odrębnym samodzielnym publicznym zakładem opieki zdrowotnej utworzonym przez uczelnię, pierwotnie pod nazwą Akademickie Centrum Medycyny Morskiej i TropikalnejROZPORZĄDZENIE MINISTRA ZDROWIA z dnia 24 lipca 2003 r. w sprawie włączenia Instytutu Medycyny Morskiej i Tropikalnej do Akademii Medycznej w Gdańsku.. W kolejnych latach Instytut włączono w struktury Wydziału Nauk o Zdrowiu Gdańskiego Uniwersytetu Medycznego, przywracając mu przy tej okazji nazwę Instytut Medycyny Morskiej i Tropikalnej oraz zmieniając nazwę wydziału na Wydział Nauk o Zdrowiu z Instytutem Medycyny Morskiej i Tropikalnej. Z kolei szpital w związku ze zmianą nazwy uczelni został przemianowany na Uniwersyteckie Centrum Medycyny Morskiej i Tropikalnej.