W programie MICRO-ISIS po raz pierwszy opracowano indeks do tomu za rok 1987.
W latach 1953–1974 Zakład zajmował się między innymi opracowaniem trzytomowej selekcyjnej Bibliografii historii polskiej. Pomysłodawcą był Gerard Labuda. W latach 1953–1962 zespołem opracowującym kierowała Helena Madurowicz-Urbańska, a w jego skład wchodzili: Wiesław Bieńkowski, Adam Przyboś, Alina Szklawska-Lohmanowa, Roman Żelewski. Ponieważ bibliografia miała zawierać najważniejsze publikacje dotyczące poszczególnych okresów historii, poproszono specjalistów zajmujących się danym okresem o przygotowanie i wysłanie do krakowskiego Zakładu pozycji, które powinny znaleźć się w bibliografii. W Zakładzie przesłane opisy były sprawdzane, opracowywane i porządkowane według przyjętego układu. Wydano 3 tomy w 7 woluminach. Pudła z kartami, na podstawie których publikowano Bibliografię, zachowały się w Pracowni Bibliografii Bieżącej PAN.
W latach 2003–2014 współpracowała z Instytutem Herdera w Marburgu przy tworzeniu bibliograficznej bazy danych „Literaturdokumentation für Geschichte Osteuropas”. Był to międzynarodowy projekt, w który zaangażowani byli także bibliografowie z Litwy i Czech.