Około 60% samolotów rozmieszczono w rejonie Moskwy. W wyniku połączenia sił powietrznych i wojsk obrony powietrznej z dniem 1 marca 1998 roku 61 Armia Lotnictwa Transportowego w ramach nowego rodzaju sił zbrojnych osiągnęła gotowość operacyjną. W latach 2004–2005, w składzie armii pozostawały dwie dywizje z dziewięcioma pułkami lotnictwa transportowego oraz cztery samodzielne pułki lotnictwa transportowego. Armia na wyposażeniu posiadała 318 samolotów transportowych. W 2006 wyłączono ze składu armii 8 Dywizję Lotnictwa Transportowego Specjalnego Przeznaczenia. Do 2008 w parku lotniczym 61 ALTr znajdowały się łącznie 293 platformy, w tym: 201 samolotów IŁ-76M/MD/ MF, 50 samolotów AN-12, 12 samolotów AN-124, 21 samoloty AN-22. Efektem końcowym reorganizacji przeprowadzonej w latach 1991–2008 to utrata około 60-70% potencjału i obniżenie zdolności przerzutu elementów wojsk do jednej dywizji powietrznodesantowej w dwóch wylotach.
Struktura organizacyjna W 1991 dowództwo 117 samodzielny Białoruski pułk lotnictwa WRE – Szaulaj 194 samodzielny Gwardyjski Briański pułk lotnictwa transportowego im. N.F.