W grudniu 2022 został wybrany na nowego przewodniczącego Republikanów.
W czerwcu 2024, wkrótce po wyborach europejskich (w których jego partia odnotowała słaby wynik) i rozpisaniu nowych wyborów parlamentarnych, zadeklarował publicznie zawarcie porozumienia wyborczego ze skrajnie prawicowym Zjednoczeniem Narodowym. Od koncepcji tej odcięli się niemal wszyscy najważniejsi politycy Republikanów, a jej sformułowanie doprowadziło do kryzysu w partii. Kierownictwo formacji podjęło w kolejnych dniach dwie decyzje o wykluczeniu Érica Ciottiego; ten odwołał się do sądu, który wstrzymał ich wykonanie, co pozwoliło politykowi pozostać na zajmowanej funkcji przewodniczącego. Ostatecznie Éric Ciotti przedstawił listę około 60 kandydatów uzgodnionych ze Zjednoczeniem Narodowym, z których mniej niż połowa była członkami Republikanów i wśród których poza nim znalazł się tylko jeden deputowany z około 60 posłów LR zakończonej kadencji. Kandydaci ci zostali w procedurze wyborczej zaklasyfikowani pod szyldem „unii skrajnej prawicy”. Jednocześnie komisja nominacyjna Republikanów (kontrolowana przez przeciwników przewodniczącego partii) stworzyła własne listy wyborcze. Ostatecznie sam Éric Ciotti utrzymał mandat poselski na kolejną kadencję. We wrześniu tego samego roku ogłosił ostatecznie odejście z Republikanów.