Zadania Pełnomocnika Do zadań Pełnomocnika należało: przyjmowanie i przekazywanie środków finansowych z Unii Europejskiej na wyodrębniony rachunek w Narodowym Banku Polskim, zgodnie z planem finansowym opartym na decyzjach programowych podjętych przez Radę Ministrów, po przedstawieniu przez Komitet Integracji Europejskiej, przekazywanie, na podstawie odrębnych umów, środków finansowych pochodzących z Unii Europejskiej instytucjom wdrażającym programy realizowane na podstawie decyzji, przekazywanie środków z budżetu państwa na współfinansowanie programów, zapewnienie płynności zasilania finansowego ze środków Unii Europejskiej do realizacji programów, składanie sprawozdań Radzie Ministrów i Komitetowi Integracji Europejskiej oraz formułowanie wniosków w zakresie przygotowywania Polski do włączenia w system finansowania Unii Europejskiej, kontrola finansowa wydatkowania środków.
Organy administracji rządowej zobowiązane były do współdziałania i udzielania pomocy Pełnomocnikowi, w szczególności przez udostępnianie informacji niezbędnych do realizacji jego zadań.
Obsługę merytoryczną, organizacyjno-prawną, techniczną i kancelaryjno-biurową w zakresie zadań Pełnomocnika zapewniało Ministerstwo Finansów.