W 1904 został zatrudniony na Université Libre de Bruxelles. Został tam wybrany szefem nowo powstałego laboratorium embriologii i anatomii. Jednocześnie został kierownikiem Raoul Warocqué Anatomisch Instituut. Wybuch I wojny światowej zastał go w pracowni we francuskim Roscoff. Jako że wyższe szkoły w Belgii zawiesiły działalność z powodu wojny, Brachet przeniósł się do Paryża, gdzie pracował jako profesor anatomii i embriologii. Jego paryskie wykłady z tego okresu zebrano i wydano drukiem jako L’OEuf et les Facteurs de l’Ontogenese. W 1917 był tymczasowym szefem katedry anatomii Uniwersytetu w Genewie. W 1918 został członkiem korespondentem Institut de France. W 1918 powrócił do Belgii. W latach 1923-1926 był rektorem Université Libre. Za sprawą pozyskanego przez niego wsparcia finansowego od Fundacji Rockefellera, w okresie jego rektoratu znacznie rozbudowano infrastrukturę naukową uczelni. Pod koniec życia odbył podróż naukową do Stanów Zjednoczonych i Ameryki Południowej. Był ojcem biochemika-embriologa Jeana Bracheta.