W latach 1996–2001 prezes zarządu Wielkopolskiego Banku Kredytowego (WBK), następca Franciszka Pospiecha. Po fuzji WBK z Bankiem Zachodnim, w latach 2001–2007, prezes zarządu połączonego banku, Banku Zachodniego WBK. W 2007 zrezygnował z funkcji prezesa, na której zastąpił go Mateusz Morawiecki. Był wówczas najlepiej zarabiającym prezesem banku w Polsce z pensją przekraczającą 5,6 mln zł rocznie. W trakcie pełnienia przez niego funkcji prezesa zarządu banku, WBK oraz BZWBK nie udzielały klientom indywidualnym kredytów hipotecznych denominowanych w walutach obcych.
W 2015 Kseń krytycznie wypowiadał się o udzielaniu przez banki w Polsce tego typu kredytów oraz pośrednictwa w sprzedaży polisolokat, nazywając je oszustwem.
Prowadzi własną działalność gospodarczą w obszarze doradztwa pod nazwą Jacek Kseń Consulting.
Zasiadał w radach nadzorczych m.in. AmRest Polska, BZ WBK AIB TFI, BZ WBK AIB Asset Management, Caspar Asset Management, Commercial Union PTE BPH CU WBK, Domu Maklerskiego NWAI, MCI Capital, Nest Banku, Orbisu, PBG, Polimex-Mostostal, Polskich Linii Lotniczych LOT i Sygnity.
W latach 2000–2007 konsul honorowy Irlandii w Poznaniu.
W latach 2009–2011 był prezesem Polskiego Związku Tenisowego.